Dans son numéro 12, l'édition de l'été 2023, le magazine ActuIA consacrait un entretien à Karim Beguir, cofondateur et PDG d'InstaDeep, sur l'intelligence artificielle multi-agent. Le 31 juillet 2023, quelques semaines après la parution, BioNTech finalisait le rachat de sa société. Trois ans plus tard, InstaDeep a gardé sa marque, son dirigeant et ses clients industriels. Elle a aussi gagné un supercalculateur en région parisienne. Ses effectifs dépassaient 400 personnes fin 2024, contre environ 240 à l'annonce du rachat.

Le rôle joué pendant la pandémie

La relation avec BioNTech remonte à 2019. Le 25 novembre 2020, alors que le laboratoire de Mayence mettait au point son vaccin avec Pfizer, les deux entreprises ont créé un laboratoire commun d'innovation en IA à Londres et à Mayence. Les équipes ont travaillé sur la sélection de néoantigènes pour les vaccins contre le cancer et sur l'optimisation des séquences d'ARN des plateformes RiboMab et RiboCytokine de BioNTech, selon le communiqué qui a annoncé le rachat.

Le projet le plus connu reste le système d'alerte précoce sur les variants du SARS-CoV-2, présenté le 11 janvier 2022. Il combine une modélisation de la protéine Spike et un modèle de langage appliqué aux séquences du virus. Testé chaque semaine du 16 septembre 2020 au 23 novembre 2021, il a signalé 12 des 13 variants désignés par l'Organisation mondiale de la santé, en moyenne 58 jours avant leur désignation, selon les deux entreprises. Omicron a été classé à haut risque le jour même où sa séquence a été mise en ligne, parmi plus de 70 000 variants découverts en octobre et novembre 2021. En décembre 2021, 12 000 nouveaux variants étaient séquencés chaque semaine. Seul un système d'IA pouvait suivre ce flux en temps réel, a expliqué Karim Beguir à Rest of World en septembre 2024. ActuIA avait détaillé son fonctionnement à l'époque.

Un rachat record pour une start-up africaine

Fondée à Tunis en 2014 par Karim Beguir et Zohra Slim, installée à Londres depuis 2015, InstaDeep avait levé 7 millions de dollars en 2019 auprès d'AfricInvest, puis 100 millions de dollars en janvier 2022, avec BioNTech et Google parmi les investisseurs. Un an plus tard, le 10 janvier 2023, BioNTech annonçait le rachat des 94,7 % du capital qu'il ne détenait pas encore : 362 millions de livres en numéraire et en actions, plus jusqu'à 200 millions de livres liés à des objectifs de performance. Le total pouvait atteindre 562 millions de livres, soit 682 millions de dollars, selon Reuters. C'était alors la plus grosse acquisition de BioNTech.

C'était aussi, selon TechCrunch, le plus gros rachat d'une start-up africaine, devant Paystack, DPO Group et Sendwave. Google avait payé environ 400 millions de livres pour DeepMind en 2014. L'opération a été finalisée le 31 juillet 2023 pour environ 500 millions d'euros, paiements conditionnels compris. Elle apportait à BioNTech quelque 290 salariés et un réseau de partenaires de recherche, dont Google DeepMind.

Le moteur d'IA de BioNTech

InstaDeep opère depuis comme filiale britannique de BioNTech, et Karim Beguir, distingué en février 2024 par un TIME100 Impact Award, la dirige toujours. Ses outils de segmentation d'images annotent les tissus tumoraux cinq fois plus vite que les experts de BioNTech ne le faisaient à la main, a-t-il indiqué à TechCrunch en octobre 2024. Il y comparait l'IA appliquée à la biologie à l'état du traitement du langage en 2020, avec GPT-3 : des systèmes qui commençaient à fonctionner, avec une large marge de progrès.

InstaDeep a construit sa propre infrastructure. Le 1er octobre 2024, lors du premier AI Day de BioNTech, elle a présenté Kyber, une grappe de 224 GPU Nvidia H100 et 86 000 cœurs CPU, pour environ 0,5 exaflop en FP16. Elle est installée dans le data center Equinix de Saint-Denis. Le bureau de Paris comptait plus de 130 ingénieurs et chercheurs en janvier 2025. AIchor, la plateforme qui répartit les calculs entre les équipes, a traité 15 000 expériences par mois en moyenne en 2025, selon le compte rendu du deuxième AI Day, tenu à Londres le 1er octobre 2025.

Les modèles ont suivi. Les Nucleotide Transformer, modèles de langage de l'ADN publiés en open source, dépassent le million de téléchargements et les 500 citations. Leur troisième version, NTv3, préentraînée sur 9 000 milliards de paires de bases issues d'environ 128 000 espèces, lit des séquences d'un million de nucléotides, selon sa prépublication de décembre 2025. Selon InstaDeep, son modèle AbBFN2 humanise un anticorps, c'est-à-dire le rend tolérable par le système immunitaire humain, en moins de 20 minutes, quand l'étape prend des mois en laboratoire. InstaNovo, qui identifie des peptides à partir de spectres de masse, sert chez BioNTech à chercher de nouvelles cibles et de nouveaux biomarqueurs. Les équipes revendiquent aussi des récepteurs de lymphocytes T dont l'affinité a été multipliée jusqu'à 50 000 fois en trois cycles d'optimisation. En juillet 2026, elles ont présenté à la conférence ICML MOJO, un modèle qui classe les tumeurs de 33 types de cancer à partir de l'expression des gènes et de la méthylation de l'ADN.

Karim Beguir a résumé la méthode lors de cet AI Day. « L'IA n'est pas une exponentielle unique, mais une triple exponentielle : données, calcul et modèles », a-t-il déclaré (traduit de l'anglais). BioNTech et InstaDeep construisent selon lui « toute la pile de l'IA » pour faire du groupe une référence mondiale de l'immunothérapie.

Des revenus plus que triplés en deux ans

Les comptes 2024 d'InstaDeep Ltd, déposés au registre britannique des sociétés en août 2025, donnent la mesure de cette montée en puissance. Le chiffre d'affaires de la société britannique atteint 61 millions de livres, contre 34,4 millions en 2023, soit une hausse de 77 % après 92 % l'année précédente. La perte d'exploitation est presque résorbée. Elle représentait 38 % des revenus en 2023, contre 3 % en 2024. Les dépenses de recherche et développement ont doublé, à 30,5 millions de livres, et les investissements en équipements atteignent 12,5 millions de livres. Ces comptes ne consolident pas les filiales de Paris, de Tunis et des États-Unis, toutes trois bénéficiaires en 2024.

Des agents pour les trains, les circuits imprimés et les réseaux d'eau

Le sujet de l'entretien de 2023, l'IA multi-agent, reste un axe de recherche. Présenté à la conférence NeurIPS en décembre 2025, Oryx apprend à coordonner des dizaines d'agents à partir de données enregistrées, sans interaction avec le système réel, pour des usages comme la logistique d'entrepôt ou les réseaux ferroviaires. Sur le terrain, InstaDeep mène un projet de cinq ans d'automatisation de la planification des trains pour la Deutsche Bahn et travaille avec Fraport sur l'exploitation aéroportuaire, selon TechCrunch. BioNTech l'a laissée conserver ces clients hors santé, parce que ses compétences en IA se nourrissent de plusieurs secteurs, a expliqué Karim Beguir au même média.

De nouveaux partenaires sont arrivés après le rachat. En juin 2024, Syngenta Seeds a engagé une collaboration sur le maïs et le soja autour d'AgroNT, le modèle génomique d'InstaDeep entraîné sur des espèces cultivées.

DeepPCB, lancé en novembre 2019, applique l'apprentissage par renforcement au routage des circuits imprimés, puis au placement des composants. Sur une carte, ces deux étapes restent un travail d'ingénieur fait d'intuition et d'itérations manuelles : chaque composant déplacé modifie les contraintes électriques, mécaniques et de fabrication des autres. C'est un problème d'optimisation combinatoire, de la même famille que la logistique ou la planification ferroviaire sur lesquelles InstaDeep a bâti ses premiers systèmes. Google a montré en 2021, dans Nature, qu'un agent entraîné par renforcement place les blocs d'une puce en moins de six heures, avec un résultat comparable à celui d'ingénieurs expérimentés. En septembre 2024, InstaDeep a lancé avec Google Cloud une version de DeepPCB facturée à l'usage, DeepPCB Pro. Son module de placement traite des cartes jusqu'à 1 000 composants. Selon les cas d'usage publiés par InstaDeep, un placement optimisé en 30 minutes est suivi d'un routage en moins d'une heure, contre plus de dix heures après un placement rapide, avec moins de vias, ces liaisons entre les couches de la carte.

Le 4 mars 2026, le fabricant allemand de pompes Wilo a annoncé un partenariat de long terme, signé par les deux PDG à Dortmund, pour bâtir une plateforme d'IA appliquée aux réseaux d'eau. Un premier projet pilote est en cours. Le 24 juin 2026 à Berlin, l'association KI Park a décerné son AI Innovation Award à Wilo pour Speaking Waters, une solution de détection d'anomalies sur les réseaux d'eau coconçue avec InstaDeep.

Un nouveau patron chez BioNTech en 2027

Le rachat avait un but, énoncé par Ugur Sahin le 10 janvier 2023 : faire de BioNTech « une entreprise technologique où l'IA est intégrée à tous les aspects de notre travail ». Trois ans plus tard, le calcul, les modèles et les équipes sont là. Les outils d'InstaDeep ont été appliqués à la sélection des néoantigènes des vaccins personnalisés contre le cancer de BioNTech, dont le candidat le plus avancé, autogene cevumeran, est en phase 2 contre le cancer du pancréas avec Genentech. Les molécules conçues avec ses modèles plus récents, anticorps humanisés, récepteurs de lymphocytes T ou nanoparticules, restaient au stade préclinique lors de l'AI Day du 1er octobre 2025.

La suite se jouera sous une autre direction. Le 10 mars 2026, BioNTech a annoncé que ses cofondateurs, Ugur Sahin et Özlem Türeci, quitteraient leurs fonctions d'ici la fin de 2026 pour créer une société dédiée à la prochaine génération d'ARN messager, dont BioNTech prendra une participation minoritaire. Le 3 août, le conseil de surveillance a nommé Guido Oelkers, jusque-là PDG du suédois Sobi, pour succéder à Ugur Sahin au plus tard le 1er février 2027. Le lendemain, le groupe a publié un chiffre d'affaires trimestriel de 105,6 millions d'euros, en baisse de 59 % sur un an. Il a aussi ramené sa prévision de dépenses de R&D pour 2026 à 2 à 2,3 milliards d'euros, contre 2,2 à 2,5 milliards auparavant. Ce communiqué ne mentionne pas l'intelligence artificielle.

Au 9 octobre, BioNTech n'avait pas annoncé de troisième AI Day, après ceux du 1er octobre 2024 et du 1er octobre 2025. Guido Oelkers arrive d'un groupe spécialisé dans les maladies rares. InstaDeep aborde ce changement de direction avec ses clients hors santé et ses propres moyens de calcul.

Tunis, Kigali, Le Cap : ce qu'InstaDeep construit en Afrique

InstaDeep a des bureaux à Tunis, à Kigali, ouvert en octobre 2023, et au Cap. L'équipe de Kigali pilote ses travaux d'intelligence géospatiale : elle prédit à 30 jours, à partir d'images satellite, les zones de reproduction des criquets, avec un cadre logiciel ouvert, InstaGeo, que d'autres organisations peuvent réutiliser. L'entreprise soutient depuis ses débuts le Deep Learning Indaba, le rassemblement des chercheurs africains en apprentissage automatique, avec des bourses de voyage pour les étudiants du continent. Sa filiale tunisienne a dégagé 282 000 livres de résultat net en 2024.

Karim Beguir a grandi à Tataouine, dans le sud tunisien. Diplômé de l'École polytechnique, passé par le Courant Institute de l'université de New York, puis par l'ingénierie financière chez JPMorgan et Bank of America, il a quitté un poste dans la finance à Londres en 2014 pour fonder InstaDeep chez lui. Interrogé par Rest of World sur le pays où il recommencerait, il a répondu : « Si ce n'était pas la Tunisie, je ne crois pas que je l'aurais jamais fait. » Il a depuis aidé le gouvernement français à préparer le sommet pour l'action sur l'IA de février 2025, selon Sifted, et y a pris la parole en séance plénière le 11 février 2025.

Le 19 mai 2026, à l'AI Infrastructure Forum de Tunis, il a plaidé pour que la Tunisie entre dans la chaîne de valeur mondiale de l'IA en transformant son potentiel solaire en puissance de calcul et en data centers, plutôt qu'en exportant de l'électricité, selon Managers. Environ 4 % du désert tunisien pourrait, selon lui, couvrir jusqu'à 10 % des besoins énergétiques de l'Europe. La fenêtre est courte, a-t-il prévenu : les 24 prochains mois seront décisifs. « Le produit raffiné le plus important de l'histoire, c'est l'intelligence », a-t-il lancé. Onze ans après avoir vendu, depuis la Tunisie, son premier système d'IA à un client londonien, le fondateur d'InstaDeep propose à son pays d'en devenir une raffinerie.

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