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OWKIN lance Substra, un projet collaboratif IA axé sur la protection des données médicales

La protection des données et le respect de la vie privée, notamment dans le domaine de la santé, sont au coeur de nombreux débats concernant l’éthique, la recherche et l’innovation. OWKIN, start-up IA réputée et spécialisée dans la recherche médicale, a annoncé le lancement de Substra, un projet assurant la protection des données, leur valorisation et leur utilisation pour la recherche.

Le projet Substra est mené au sein d’un consortium de 9 partenaires professionnels de la santé et de l’innovation. Il a été financé par la BPI avec une enveloppe de 10M€ dans le cadre des Grands Défis du Numérique du Programme d’Investissement d’Avenir.

Substra a pour objectif de dévoiler tout le potentiel de l’IA au travers d’un dispositif garantissant la protection des données sensibles. Il permettra ainsi d’exploiter tout le potentiel des données médicales. Le consortium encadrant le projet regroupe: Owkin, l’École Polytechnique, l’Institut Curie, le Centre Léon Bérard, l’université Paris Descartes, le CHU de Nantes, la startup Apricity, l’AP-HP avec trois hôpitaux impliqués (Saint-Louis, Antoine-Béclère et Jean Verdier) et Substra Foundation. La plateforme open source au cœur du projet sera disponible au cours de l’année 2019.

Substra – l’assurance de la protection des données

Les hôpitaux ou instituts peuvent être réfractaires à l’idée de partager leurs données avec des tiers. C’est dans ce cadre que s’inscrit le projet Substra. Au travers d’un système sécurisé et éthique, Substra fédère les fournisseurs de données (ex : hôpitaux) pour valoriser leurs informations et les utiliser à des fins de recherches médicales, en vue par exemple de cibler les thérapies de manière personnalisée, dans un cadre protecteur de la confidentialité des données.

OWKIN est, depuis sa création, attaché à respecter l’utilisation des données et à préserver la vie privée. C’est pour cela que la société s’emploie depuis ses débuts à travailler main dans la main avec ses partenaires en s’engageant à n’utiliser ces données que localement, c’est à dire sur les serveurs installés dans ces centres. Ainsi, aucune donnée traitée par la startup française ne sort des hôpitaux ou des centres partenaires. Pour chaque partenariat, OWKIN installe des serveurs pour développer les algorithmes de deep learning qu’ils font « voyager » d’un centre à un autre sans que les données ne soient partagées.

Pour construire la plateforme Substra, le consortium fait appel à différentes technologies permettant d’optimiser son impact : l’apprentissage fédéré, l’apprentissage par transfert, les registres distribués (blockchain privée), et la cryptographie avancée.

Éthique et collaboration : un consortium innovant

Le projet Substra est la continuité du travail de nombreux acteurs pour offrir sécurité et transparence grâce à une plateforme entièrement open source. Financé par des fonds publics et doté d’un ADN résolument collaboratif, le consortium encadrant Substra ouvre ses portes à différents intervenants. Qu’ils soient universitaires, acteurs du monde de l’industrie ou encore médecins, la démarche rassemble plus de 20 collaborateurs à plein temps avec notamment des développeurs de logiciels, des data scientists ou encore des oncologues.

Les différents acteurs devront collaborer de manière la plus étroite possible en endossant quatre rôles différents. Owkin et Substra Foundation développeront la plateforme open source Substra de traitement sécurisé des données médicales. Les Hôpitaux rassembleront sur la plateforme distribuée des données d’anatomopathologie (Institut Curie et Centre Léon Bérard), de dermatologie (CHU de Nantes et AP-HP) et de fertilité (AP-HP). Les deux startups Owkin (oncologie) et Apricity (fertilité) fourniront des algorithmes prédictifs à partir de ces données. Ceux seront évalués dans un cadre scientifique et méthodologique développé par les deux laboratoires de recherche à l’École Polytechnique (UMR 7641) et l’Université Paris Descartes (UMR 1153) notamment pour développer les méthodes de validation médicale des algorithmes d’IA en santé.

Mathieu Galtier, leader du projet Substra chez OWKIN :

« Notre travail actuel est interdisciplinaire. Nous sommes heureux de développer une culture commune d’IA médicale autour de la protection des données privées entre le personnel médical, les développeurs ou encore les chercheurs ».

Le projet collaboratif voit la naissance d’une association à but non lucratif, Substra Foundation, afin d’assurer la pérennité du code open source produit dans le projet. Elle a pour but de diffuser à d’autres domaines ou cas d’application le concept phare du projet : une IA sécurisée pour données privées.

Pierre-yves Gerlat

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